La constitution par l’Union Européenne du réseau Natura 2000 de sites au patrimoine écologique d’intérêt communautaire a deux objectifs :préserver la diversité biologique et valoriser le patrimoine naturel de nos territoires. Ce programme repose sur deux directives :

• la directive "Oiseaux" propose la conservation à long terme des espèces d'oiseaux sauvages de l'Union Européenne en ciblant 181 espèces et sous-espèces menacées qui nécessitent une attention particulière. Plus de 3 000 sites ont été classés par les Etats de l'Union en tant que Zones de protections spéciales (ZSP).
• la directive "Habitats faune flore" établit un cadre pour les actions communautaires de conservation d'espèces de faune et flore sauvages ainsi que de leur habitat. Les Zones spéciales de conservation (ZSC), actuellement de plus de 20 000 pour 12% du territoire européen, permettent une protection de ces habitats et espèces menacées.

Sur chaque site Natura 2000 doit être établi un document d'objectifs (DOCOB) qui définit les orientations de gestion et les mesures destinées à conserver ou à rétablir dans un état favorable à leur maintien à long terme les habitats naturels et les populations de faune et de flore sauvages qui ont justifié leur délimitation.
Ces mesures doivent être définies en concertation, tenir compte des particularités locales et être adaptées aux menaces spécifiques qui pèsent sur les habitats et les espèces. C'est pourquoi l'Etat français a choisi de s'appuyer sur des collectivités locales pour la mise en place et l'animation des DOCOB.

La communauté d'agglomération est concernée par deux sites Natura 2000 :

• la zone de protection spéciale "milieux aquatiques du fleuve Loire", dont l'animation est ortée par le conseil général de la Loire. L'agglomération participe au comité de pilotage qui a élaboré en 2010 le DOCOB.
• la zone spéciale de conservation "Gorges de la Loire aval", dont il assure l'animation et donc la présidence du comité de pilotage. Ce site s'étend sur un périmètre de 4 553ha comprenant 14 communes du seuil de Neulise au barrage de Villerest. L'enjeu majeur de ce site est dans la nidification d'espèces remarquables et plus particulièrement les rapaces.

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